Sur debian et ubuntu, il suffit d’ajouter dans /etc/sysctl.conf les lignes suivantes : 

# Simuler les boutons 2 et 3 d'une souris :
dev/mac_hid/mouse_button_emulation = 1
# Par défaut, fn + ctrl = clic milieu, fn + alt = clic droit,
# c'est-à-dire :
dev/mac_hid/mouse_button2_keycode = 97
dev/mac_hid/mouse_button3_keycode = 100

(Voir l’explication de l’option CONFIG_MAC_EMUMOUSEBTN du kernel)
N'oubliez pas d'enlever ou de commenter les lignes qui correspondaient au comportement précédent.
Cela sera prise en compte au prochain boot, ou bien immédiatement après la commande

sudo sysctl -p /etc/sysctl.conf